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Éléments de réponse :

Lisons la narration de 1Samuel 15 progressivement (traduction NBS):

1 Samuel dit à Saül : C’est moi que le Seigneur a envoyé pour te conférer l’onction, afin que tu sois roi sur son peuple, sur Israël. Écoute donc ce que dit le Seigneur.

Samuel rappelle à Saül sa légitimité pour le conseiller spirituellement.
 Mais la notice de 1Samuel 14,47 explique que c’est Saül qui s’est emparé de la royauté.
 Ce n'est pas que Samuel cherche à se faire valoir auprès du roi mais dans le contexte du Proche Orient Ancien (POA) il n’est pas étonnant de lier l’accession au trône d’un roi à une protection divine.

2 Ainsi parle le Seigneur (YHWH) des Armées : J’ai décidé de faire rendre des comptes à Amalec pour ce qu’il a fait à Israël, quand il s’est mis sur son chemin tandis que celui-ci montait d’Egypte.

Dieu décide de faire rendre des comptes à Amalec pour quelque chose qui s’est passé plusieurs centaines d’années avant (Exode 17,8s) et qui s’est déjà soldé par une punition d’Amalec. On a déjà là un indice de quelque chose de plus humain que divin : en effet la vengeance est-elle un commandement de Dieu ?

3 Va maintenant, attaque Amalec et frappe d’anathème tout ce qui lui appartient : tu ne l’épargneras pas ; tu mettras à mort hommes et femmes, enfants et nourrissons, bœufs, moutons et chèvres, chameaux et ânes.

Il est étonnant que Dieu demande cela à Saül pour plusieurs raisons :
D'abord parce que selon a loi en Deutéronome 13,16 l’anathème (ou interdit) était destiné à ceux qui entrainait les autres à adorer d’autres dieux. Ici ce n’est pas le cas. Amalec était environ à 3 jours de marche au sud de Jérusalem, en plein désert et l’exterminer avait probablement un double intérêt : des troupeaux (ce qu’on voit dans ce passage) et la tranquillité car dans l’histoire biblique, Amalec est descendant d’Esaü et représente un poil à gratter perpétuel pour la légitimité du royaume.
Ensuite, si on remplace Dieu au v2 par Jésus, on est un peu dans l’embarras car on voit mal le Jésus qui enseigne le sermon sur la montagne avec ses béatitudes ou Matthieu 5,43-47 demander une telle chose.
Il faut ici se rappeler deux des principes de base de la lecture chrétienne de la Bible : la lecture doit être à la fois christocentrique (Christ au centre de l’écriture) et christotélique (Christ est le but, la fin, l’accomplissement, et surtout la perfection de la révélation).
Selon le 1er principe, Dieu est le même que montré par Jésus-Christ de toute éternité. Donc Dieu ne peut pas se contredire, et en particulier il ne peut contredire Jésus. Si une vision de Dieu présentée dans la bible est contraire à ce que Jésus a enseigné (directement ou par ses actions ou à travers la croix) c’est Jésus qui prime !
 Ainsi Dieu ne peut avoir demandé un génocide (comment qualifier autrement l'extermination d'un peuple jusqu'aux femmes, enfants et nourrissons) comme dans ce passage, quand bien même il est écrit « Ainsi parle le Seigneur » au v2.
Seulement cela ne suffit pas pour expliquer pourquoi le texte attribue à Dieu le commandement de génocide. C’est le 2ème principe qui permet de le dire : Christ révèle l’accomplissement et le perfectionnement de la Loi. Par conséquent elle n’était pas parfaite jusqu’à lui. On peut donc dire, sans prendre de risque spirituel, grâce à Christ, que ce qu’exprime ce passage n’est pas ce que Dieu a dit, mais ce que Samuel pense que Dieu a dit, ou bien ce que l’auteur de ce passage pense que Dieu a dit (ce qui pour nous revient à peu près au même). Non pas que l’auteur se trompe mais que dans sa recherche de qui est Dieu et de comment Dieu agit dans l’histoire, il attribut à Dieu quelque chose qui n’est pas de Dieu mais qui ressemble plus aux dieux du POA.
On pourrait se demander alors pourquoi, si toute écriture est inspirée de Dieu, cela est rendu possible par l’Esprit-Saint ? Probablement pour la même raison que Dieu a permis à la croix d’être la révélation la plus précise de qui il est. Dieu sur la croix supporte la honte liée à l’incompréhension des hommes. Dieu dans l’écriture supporte (par exemple quand on lui attribue de mauvaises actions) qu’on se méprenne sur qui il est jusqu’à ce que la révélation soit terminée en Jésus-Christ, parce qu’il est patient et que par amour il supporte tout, même la honte d’être présenté comme ordonnant un génocide.
Ce raisonnement peut être démontré juste d'un point de vue moral, mais aussi grâce aux écritures elles-mêmes, en particulier en considérant :
- ce que dit le Nouveau Testament sur l’Ancien Testament.
- la manière dont les auteurs du Nouveau Testament utilisent l’Ancien Testament pour élaborer leurs raisonnements.

4 Saül battit le rappel des troupes et les passa en revue à Telaïm : il y avait deux cent mille fantassins et, de Juda, dix mille hommes. 5 Saül marcha jusqu’à la ville d’Amalec et mit une embuscade dans l’oued. 6 Il dit aux Caïnites : Allez, écartez-vous, descendez d’Amalec, afin que je ne vous fasse pas disparaître avec lui ; car vous avez agi avec fidélité envers tous les Israélites, lorsqu’ils sont montés d’Egypte. Les Caïnites s’écartèrent donc d’Amalec.

Les chiffres ici sont probablement exagérés pour impressionner les lecteurs de l’époque de l’auteur. D’ailleurs on voit mal comment 200.000 fantassins pourraient se mettre en embuscade dans un oued. Les chiffres de 1Samuel 30,9-10 (quand c’est David qui attaque Amalec) sont plus réalistes.

7 Saül battit Amalec depuis Havila jusqu’aux abords de Shour, qui est en face de l’Egypte. 8 Il prit vivant Agag, roi d’Amalec. Il frappa d’anathème tout le peuple et le passa au fil de l’épée. 9 Mais Saül et le peuple épargnèrent Agag, ainsi que ce qu’il y avait de meilleur dans le petit bétail et le gros bétail, les bêtes de seconde portée et les jeunes béliers, tout ce qu’il y avait de bon. Ils ne voulurent pas frapper tout cela d’anathème ; ils ne frappèrent d’anathème que ce qui était méprisable et chétif.

On a ici l’une des raisons pour laquelle Saül a voulut attaquer Amalec : récupérer les troupeaux.
 Mais on a aussi une raison territoriale : depuis Havila jusqu’aux abords de Shour représente le territoire décrit en Genèse 25,18 (qui n’est pas le territoire de la conquête, mais celui qui correspond au temps de la mort d’Abraham).

10 La parole du Seigneur parvint à Samuel : 11 Je regrette d’avoir investi Saül de la royauté, car il s’est détourné de moi et il n’a pas exécuté mes paroles. Samuel en fut fâché ; il cria vers le Seigneur toute la nuit. 12 Samuel se leva de bon matin pour aller trouver Saül. On lui dit : Saül est allé au Carmel, il s’y est érigé un monument ; puis il est redescendu au Guilgal. 13 Samuel se rendit auprès de Saül, et Saül lui dit : Sois béni du Seigneur ! J’ai exécuté la parole du Seigneur.

A qui Saül a-t-il désobéi ? A Dieu ou à Samuel ?
Envers qui Samuel est-il fâché ? envers Dieu ou envers Saül ?
Samuel est exemplaire non pas dans ses intentions ou ses choix. Mais dans sa relation avec Dieu. Il cherche, il crie vers le Seigneur. Il est probablement en colère et confus.
Saül lui se tourne vers… lui-même ! il s’érige un monument !
 Il a les bonnes paroles bien religieuses, mais en pratique le Seigneur est le cadet des ses soucis.
Quant à Dieu, ici il est présenté comme ayant des regrets. Ce qui pose question pour au moins deux raisons :

1/ Dieu ne savait-il pas en faisant de lui un roi sur son peuple que Saül est faible et faillible spirituellement ?
2/ Si Dieu regrette chaque fois que quelqu’un pèche, comment peut-on faire confiance à sa grâce ? On peut dire qu’ici il s’agit quand même du roi, que ce n’est pas n’importe qui. Mais malgré tout, si on lit ce texte littéralement, on a une image de Dieu qui ne correspond pas à celle de Jésus qui enseigne et prouve par son sacrifice (Romains 3,25-26) la patience de Dieu.
Le regret de Dieu ici est un anthropomorphisme, c’est à dire une attitude humaine attribuée à Dieu pour tenter de faire comprendre quelque chose sur Dieu : l’auteur de cette histoire va expliquer plus loin pourquoi Dieu est déçu.

14 Samuel dit : Qu’est-ce donc que ces bêlements de petit bétail qui parviennent à mes oreilles, et ces mugissements de gros bétail que j’entends ? 15 Saül répondit : On les a amenés de chez les Amalécites : le peuple a épargné le meilleur du petit bétail et du gros bétail, afin de le sacrifier au Seigneur, ton Dieu ; le reste, nous l’avons frappé d’anathème.

Si Samuel n’est pas dupe, Saül n’est pas bête : il a encore une fois la réponse religieuse toute prête. Il ne ment pas sur les faits. Peut-être même que son intention est sincère ? Mais la construction du récit est faite de telle manière qu’on en doute.

16 Samuel dit à Saül : Assez ! Je vais t’annoncer ce que le Seigneur m’a dit cette nuit. Et Saül lui dit : Parle ! 17 Samuel dit : N’est-ce pas lorsque tu étais petit à tes propres yeux que tu es devenu le chef des tribus d’Israël, et que le Seigneur t’a conféré l’onction pour que tu sois roi sur Israël ? 18 Le Seigneur t’avait envoyé en disant : Va et frappe d’anathème ces pécheurs d’Amalécites ; tu leur feras la guerre jusqu’à leur extermination. 19 Pourquoi n’as-tu pas écouté le Seigneur ? Pourquoi t’es-tu jeté sur le butin et as-tu fait ce qui déplaisait au Seigneur ? 20 Saül répondit à Samuel : J’ai bien écouté le Seigneur et j’ai suivi le chemin sur lequel le Seigneur m’avait envoyé. J’ai amené Agag, roi d’Amalec, et j’ai frappé Amalec d’anathème ; 21 mais le peuple a pris sur le butin du petit bétail et du gros bétail, comme prémices de l’anathème, afin de les sacrifier au Seigneur, ton Dieu, au Guilgal.

La réponse religieuse ne suffisant pas Saül reporte la faute sur le peuple. Ce qui est peut-être vrai. Mais n’est-il pas le roi ?

22 Samuel dit :
 Le Seigneur prend-il autant plaisir
 aux holocaustes et aux sacrifices
 qu’à l’obéissance de celui qui écoute le Seigneur ?
 Écouter vaut mieux que les sacrifices,
 prêter attention vaut mieux que la graisse des béliers. 
23 Car la rébellion vaut le péché de divination,
 et la résistance vaut le recours illicite aux teraphim.
 Puisque tu as rejeté la parole du Seigneur,
 il te rejette aussi : tu ne seras plus roi.

Ici Samuel formule un principe typiquement prophétique : l'écoute vaut mieux que les actes religieux. Bien sûr l'obéissance va avec l'écoute, d'ailleurs le verbe écouter peut être traduit par obéir, car sans écouter on ne peut obéir. Mais ici l'accent est mis sur l'écoute comme dans le shema Yishraël de Deutéronome 6,4 (même verbe). D'ailleurs littéralement le texte du v22 dit : Et Samuel dit : Le Seigneur a-t-il plaisir dans des holocaustes et des sacrifices comme dans l'écoute de la voix du Seigneur ? Voici, l'écoute vaut mieux qu'un sacrifice, et être attentif (vaut mieux) que la graisse des béliers ! En termes modernes on pourrait dire que la tradition ne remplace pas la spiritualité, et qu’elle est même nuisible en ceci qu’elle fournit un prétexte à s’éloigner de Dieu ce que le texte nomme ici « rébellion ».
Jésus enseignera cela aussi, mais dans un cadre bien différent : non pas celui de la conquête et de l’extermination mais celui de l’amour. Le principe est validé par Jésus, le contexte ne l’est pas.

24 Alors Saül dit à Samuel : J’ai péché ; j’ai passé outre aux ordres du Seigneur et à tes paroles ; je craignais le peuple, et je l’ai écouté.

Saül est dos au mur. Il ne peut qu’avouer son péché.
 Il n'a pas écouté Samuel, mais le peuple. Ici les ordres du Seigneur sont assimilés par Saül aux paroles de Samuel. Saül ne réfléchit pas. Non seulement il prend tout pour argent comptant sans réfléchir (comme certains fondamentalistes d'aujourd'hui) mais en plus il est hypocrite avec sa propre croyance (comme certains fondamentalistes d'aujourd'hui !).

25 Maintenant, je te prie, pardonne mon péché, reviens avec moi, et je me prosternerai devant le Seigneur. 26 Samuel dit à Saül : Je ne reviendrai pas avec toi. Puisque tu as rejeté la parole du Seigneur, le Seigneur te rejette : tu ne seras plus roi sur Israël. 27 Comme Samuel se tournait pour s’en aller, Saül le saisit par le pan de son manteau, qui se déchira. 28 Samuel lui dit : Le Seigneur déchire aujourd’hui la royauté d’Israël pour te l’ôter, et il la donne à un autre, qui est meilleur que toi. 29 La majesté d’Israël ne ment pas et n’a pas de regret ; ce n’est pas un être humain, pour qu’il ait du regret. 30 Saül dit encore : J’ai péché ! Maintenant, je te prie, honore-moi devant les anciens de mon peuple et devant Israël ; reviens avec moi, et je me prosternerai devant le Seigneur, ton Dieu. 31 Samuel revint et suivit Saül, et Saül se prosterna devant le Seigneur.

Il s’agit d’un procès à charge contre Saül. Il fallait trouver un prétexte pour le destituer ! Car pourquoi Dieu punirait-il plus Saül que David. Ses péchés sont-ils pires en conséquences ou en intentions ? A bien lire la vie de David par la suite, on peut se poser légitimement la question de savoir si David est réellement meilleur (v28).
Dieu rejette-t-il des gens pour leur péché ? A la manière de Paul j'oserai dire : jamais de la vie ! Mais comme le dit le v26 : Puisque tu as rejeté la parole du Seigneur, le Seigneur te rejette. Parfois on a le sentiment que Dieu nous rejette alors que c’est nous qui rejetons Dieu. Se pose alors un problème si vous avez accepté la lecture christocentrique et christotelique : pourquoi accepter cette parole et non celle qui demande à Saül le génocide des Amalécites ? Parce que cette parole est enseignée par Jésus (par exemple en Luc 13,1-5 ou en Jean 12,47-48) puis par Paul (comme en Romains 1,28).
Le v29 entre en tension avec le v11. Il s’agit probablement d’une correction ultérieure : un copiste ou un éditeur se sera posé les questions que nous avons déjà posées plus haut, et aura amené dans l’histoire ce verset correctif (les Septantes traduisent : le Seigneur ne changera pas, et il ne se repentira pas ; car il n'est point comme un homme pour se repentir ; le traducteur prend soin de ne pas utiliser le même verbe qu’au v11 alors que dans le texte massorétique en hébreu, le même verbe est utilisé). Le texte biblique (surtout dans l’AT) est un texte vivant qui a évolué au cours des siècles de son élaboration.
Saül veut que Samuel le pardonne. Mais il se trompe de personne, car il ne se tourne pas vers Dieu ; il est obnubilé par le pouvoir du prophète, pas par celui de Dieu. Il veut que Samuel le confirme comme roi devant les anciens et le peuple. Il n’a pas de relation personnelle avec Dieu : sa relation avec Dieu dépend de celle de Samuel.
Samuel semble paradoxalement accéder à la demande de Saül en revenant vers lui au v32 alors qu'il lui avait dit qu'il ne reviendrai pas vers lui. Les choses ne sont pas aussi claires qu’il semblerait pour Samuel. Pas plus que pour le lecteur.

32 Puis Samuel dit : Amenez-moi Agag, roi d’Amalec. Agag s’avança vers lui l’air serein ; il se disait : A coup sûr, l’amertume de la mort est écartée. 33 Samuel dit : Par ton épée, des femmes ont perdu leurs enfants ; ta mère aussi va perdre le sien ! Et Samuel mit en pièces Agag devant le Seigneur, au Guilgal.

D’un point de vue moral, ces deux versets sont terribles : Samuel qui a ordonné à Saül d’aller tuer enfants et nourrissons chez les Amalécites n’a aucun scrupule à reprocher à Agag de l'avoir fait aussi !
Samuel lui-même n’est pas un tendre. Mais ne connaissant pas Jésus, on ne peut pas lui reprocher de vivre avec son temps. Tout prophète qu’il est, il n’en reste pas moins un homme du POA qui imite ce qui se faisait à l’époque.

34 Samuel partit pour Rama, et Saül monta chez lui, à Guibéa de Saül. 35 Samuel ne revit plus Saül jusqu’au jour de sa mort ; en effet, Samuel menait deuil sur Saül : quant au Seigneur, il regrettait d’avoir investi Saül de la royauté sur Israël.

En conclusion
Ce que ce passage enseigne pour nous, après l’avoir passé aux cribles christocentrique et christotelique, c’est que le péché de Saül, plus que la désobéissance c’est son auto-glorification. C'est cela qui empêche Saül d'écouter. Saül a profité d’un ordre de Samuel (plutôt que de Dieu), qu’il n’a que partiellement mis en œuvre pour acquérir plus de richesse et de gloire. Samuel, tout prophète qu’il est, n’en n’est pas moins un homme qui a une vision de Dieu au moins partiellement conforme aux standards de la théologie (si on peut parler ainsi) du POA.
Le regret de Dieu des v11 et 35 n’en n’est pas un. C’est plutôt le regret de Samuel. Car Saül s’est éloigné de Dieu, et en s’éloignant de Dieu il n’était plus avec Dieu. Le rejet de Dieu du v23 n’est pas une punition mais la conséquence du péché d’auto-glorification de Saül. Ce n'est d’ailleurs pas la personne de Saül qui est rejeté mais sa fonction de roi.
Tout au long de l’histoire, le peuple a découvert, petit à petit le Dieu que Jésus-Christ a finalement parfaitement révélé. Samuel est l’un de ces chercheurs de Dieu qui a permis au peuple de progresser dans la découverte de Dieu, mais qui n’en n’avait qu’une perception très partielle.